位於臺南市新市、善化及安定三區之間，面積1,043公頃，主要產業為光電、積體電路、精密機械、生技及綠能等產業。
其中，106年半導體領導廠商台積電公司，宣布5奈米及3奈米先進製程在臺南園區建廠，打造全球規模最大半導體產業聚落。在光電部分，主要係以群創與瀚宇彩晶所形成的平面顯示器上下游聚落為核心，隨著智慧型手機及筆記型電腦的大量需求，觸控面板快速發展，目前南科已有和鑫光電及群創的觸控面板廠，加上園區TFT-LCD聚落相關元件、材料、設備等廠商的支援，形成國內最重要之TFT-LCD產業聚落。
高雄園區位於高雄市路竹、岡山及永安三區之間，面積約567公頃，主要產業為光電、醫材及航太等。

屬科技部-南科管理局 南科543 樹谷園區
2020.2南科管理局已正式更名為「科技部南部科學園區管理局」，差異在刪除[工業]二字
下列為部分代表廠商，詳見Business@Tainan

• 台積電(2330) 南科fab6 fab14 fab13 http://www.tsmc.com.tw/
• 茂迪股份有限公司(6244) 太陽能板 南科 http://www.motech.com.tw
• 宏捷科技股份有限公司(8086) 半導體電晶體 南科 http://www.awsc.com.tw
• 台灣神隆(1789) 生技 藥品 南科 www.scinopharm.com.tw
• 双美生物科技股份有限公司(4728) 醫材 GMP藥廠 生醫級膠原蛋白 南科 http://www.sunmaxbiotech.com
• 德英生物科技股份有限公司(4911) 植物萃取藥品 南科 http://www.geherbs.com.tw
• 港香蘭綠色健康知識館 南科 港香蘭GMP藥廠 www.biotanico.com.tw
• 奇美電子 液晶螢幕LCD 南科 奇美電子
• 奇美醫療財團法人 奇美醫院 永康區 佳里區 柳營區 南科診所 www.chimei.org.tw
• 台灣穗高 鋁棒 鋁合金加工 南科 www.hodakatec.com
• 華美光學科技股份有限公司 安定區 南科樹谷二廠 www.eyecol.com
• 直得科技股份有限公司(1597) 樹谷 自有品牌cpc 線性滑軌 www.chieftek.com

• The Bakery英加速器在亞洲第一個營運中心，將協助整合AI與機器人等新創產業，並引入資金、資源與人脈，為台灣的新創環境注入更多的能量。AI_ROBOT自造基地http://ai-robot-stsp.tw

• 南科生活網 www.park101.com.tw
• 國立台灣史前文化博物館南科分館
• 樹谷生活科學館 www.tvsm.com.tw
• 樹谷農場 120237061415700 www.chimeifarm.com.tw
• 南科Park17商場 park17.seven
• (鷹萬)(立德)南科健康生活館 http://www.owin1.com.tw/TYPE_COM/branch-01.php
• 綠水樹谷活力館 https://www.yuanfun.com.tw/treevalleysports
• 南科實小 國立南科國際實驗高級中學

• 109.8 偏光廠商力特光電36.5 億元出售南科廠房給予台積電 8.12力特光電停牌
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• 自駕公車上路