位在台東的國立史前博物館於南科設立分館南科考古館

台南市政府觀光旅遊局～南科考古遺址的發掘是目前國內相當重大的考古工作，至今已發現到25處的考古遺址，出土了眾多的陶片、石器等豐富多樣化的文物。 為了保存這些珍貴的文化資產，於是成立了臺灣史前文化博物館南科考古陳列室。 這裡的出土文物不論是在數量以及橫跨歷史的年代，都是全國首屈一指的珍貴寶藏。涵蓋的年份從四千八百年前一直到三百年前左右，幾乎可以完整的呈現出臺灣史前文化的變遷過程。

國際著名建築網站Archdaily主辦「BUILDING OF THE YEAR 2020」年度建築獎票選，共十五類、從全球選出四千件作品，台灣共有五十一件作品入選，其中由大元建築工場建築師姚仁喜所設計的國立台灣史前文化博物館南科考古館也入選文化建築類。
大元建築工場表示，考古館建築物分三種量體元素組成，包括建築外牆以乾掛玄武岩石材、橫向紋飾的意象為主要石材選擇，大廳入口、時空隧道、兒童館則以玻璃帷幕為主要外觀，文化層大牆及建築外觀的嵌縫處，為亮面深色花崗石質感，讓整體外觀呈現穩著，且極具對比性。
整體外觀看似一石塊剖一刀，設計概念隱涵剖析、穿梭、交織、下探、滲透，除探究地底下每個時期所遺留足跡，考古學上稱為文化層，猶如建築設計所用的剖面圖，意喻各遺址文化層出現的相對關係，意含著南科園區多次的海進、海退所形成的土層關係，而建築量體中，隱含交錯十九度角的軸線關係，並有時光回溯動線，帶有時空交錯五千年趣味性。記者林雪娟/中華日報報導

在外觀方正的仿石灰岩外表下有著巧思，量體座向內藏了轉19度的動線，需要親自走過才會察覺，牆板鋁板看似沖孔但又有類似雷射切割的條紋，可作為空間的吸音用（小朋友的聲音還是有點響被工作人員勸告），最後是大家都被大師透過電梯直上帶領四樓眺望高鐵，再螺旋而下彷彿考古人一層層的往下挖掘探索館藏。